Een ObjectId is binair en neemt dus minder ruimte in beslag. ObjectIds hebben ook de sorteerfactor - ze zullen uiteindelijk in de volgorde van invoegen (of heel dichtbij) komen, terwijl ze uniek blijven. Het sorteren kan voor sommige dingen goed zijn, maar voor andere ongewenst (zoals shard-sleutels). Je kunt ook de tijdstempel (tweede resolutie) extraheren uit een ObjectId, wat handig kan zijn.
Afgezien daarvan zou ik zeggen dat er niet veel verschil is.