Het opslaan van enum-waarden in MongoDB als strings is prima, en ja, als je het veld indexeert, zou ik verwachten dat de prestaties vergelijkbaar zijn met geïndexeerde integer-query's. Het is zeker expressiever dan het gebruik van gehele getallen.
Het enige echte nadeel is dat ze meer ruimte innemen als je opsommingstekens wat lang zijn, maar dat is een vrij triviale zorg.