MongoDB 3.2 (uitgebracht in november 2015) biedt een versleutelde opslagengine. U hoeft geen API's van derden te gebruiken om uw gegevens te versleutelen voordat u de hele schijf invoegt of versleutelt. Meer details vind je hier. Houd er echter rekening mee dat het alleen wordt aangeboden voor de Enterprise-editie.
Het werkt met de WiredTiger-opslagengine, die sinds 3.0 is opgenomen als alternatief voor de standaard MMAPv1-opslagengine. Als uw database nog steeds MMAPv1 gebruikt, leest u deze handleiding voor de stappen om een database van MMAPv1 naar WiredTiger te converteren.
Zoals Fernando Paz in de opmerkingen opmerkte, is de versleutelde opslag alleen beschikbaar in de MongoDB Enterprise-editie.