Ja, u kunt de lijst met bestaande databases krijgen. Vanuit de Java-driver zou je zoiets kunnen doen om de databasenamen op een mongod te krijgen server draait op localhost
Mongo mongo = new Mongo( "127.0.0.1", 27017 );
List<String> databaseNames = mongo.getDatabaseNames();
Dit is gelijk aan de mongo shell "show dbs" commando. Ik weet zeker dat soortgelijke methoden in alle stuurprogramma's bestaan.