Probeer $unset in een aanroep naar update() .
Zoals dit:
db.collection_name.update({ _id: 1234 }, { $unset : { description : 1} })
En, zoals vikneshwar opmerkte, als je één veld uit alle (of meerdere) documenten wilt verwijderen, kun je updateMany() gebruiken zoals dit:
db.collection_name.updateMany({}, { $unset : { description : 1} })