Ik ben ook met dit probleem tegengekomen. En het werd veroorzaakt door het upgraden van mongodb zonder de mongo-server af te sluiten.
Nu je de nieuwe versie van mongodb al hebt (te zien aan de mongo shell-versie). Je kunt het oplossen door de mongod opnieuw op te starten proces.
Voor het starten en stoppen van het mongo-proces, zie https://docs.mongodb.com/manual/tutorial/manage-mongodb-processes