Als je aflopend sorteert en je ziet null waarden aan het einde, dat zou het standaardgedrag van de soort zijn.
Er is niet veel dat kan worden gedaan om dat gedrag te veranderen, maar een tijdelijke oplossing die u de resultaten geeft waarnaar u op zoek bent, is door twee zoekopdrachten uit te voeren in plaats van één:
db.Collection.find( { a: null } );
db.Collection.find( { a: { $ne: null } } ).sort( { a: -1, b: 1 } );