Qua prestaties zal het verschil op zijn best klein zijn. Vanwege het feit dat uw e-mailadressen uniek zijn, zal elke samengestelde index met een e-mailveld nooit nuttiger zijn dan een index op alleen e-mailadres. De reden hiervoor is dat uw e-mailveld al maximale kardinaliteit heeft voor uw verzameling en eventuele verdere indexvelden zullen de database niet helpen om records sneller te filteren, omdat deze altijd op de juiste documenten terechtkomt met alleen het e-mailveld.
In termen van geheugengebruik (wat erg belangrijk is voor databases zoals MongoDB) is de e-mailindex alleen al veel kleiner.
TL;DR:Gebruik de index alleen op e-mailadres.