Gelukkig mongodump 3.0 accepteert opties om bepaalde collecties over te slaan.
Dit loste mijn probleem op dat ik geen beheerderstoegang tot de database had om de machtigingen aan te passen. Houd er rekening mee dat u geen volledige back-ups meer maakt.
mongodump --excludeCollection=system.indexes
of
mongodump --excludeCollectionsWithPrefix=system