Ben er achter wat het probleem was. In de MongoEngine "verbinden" methode, de replicaSet parameter moest als volgt worden gespecificeerd:
connect(db = "my_db", replicaSet = "my_replica_set_name", host = "hostname", port = "port_number")
De syntaxis van de leesvoorkeur is correct zoals hierboven aangegeven. Passen in de replicaSet parameter maakte het werk.