Heeft u overwogen de opmerkingen op te slaan in alle documenten die ernaar moeten verwijzen? Als u een document voor de gebruiker hebt, slaat u alle opmerkingen van die gebruiker daarin op. Als u een apart document voor objecten heeft, slaat u daar ook alle opmerkingen op. Het voelt een beetje verkeerd als je uit een relationele wereld komt waar je precies één kopie van een bepaald stuk gegevens probeert te hebben en er vervolgens naar verwijst met een ID, maar zelfs met relationele databases moet je beginnen met het dupliceren van gegevens als je wilt dat query's worden uitgevoerd snel.
Met dit ontwerp zou elk document dat u laadt "compleet" zijn. Het zou alle gegevens bevatten die je nodig hebt, en indexen op die verzameling zouden het lezen snel houden. De prijs zou iets langzamer schrijven, en meer hoofdpijn als je de commentaartekst moet bijwerken, omdat je meer dan één document moet bijwerken.