Het probleem was met mijn persistentie-eenheid. Standaard zijn ALLE Entiteitsklassen inbegrepen, dus zowel mijn NoSQL- als SQL-entiteiten werden doorgegeven aan zowel de SQL- als de NoSQL-persistentie-eenheden. De oplossing was gewoon om de entiteiten binnen de persistentie.xml-persistentie-eenheid te specificeren.
<persistence-unit name="Dastrax_NoSQL_PU" transaction-type="JTA">
<provider>org.eclipse.persistence.jpa.PersistenceProvider</provider>
<class>declare_your_entity_1</class>
<class>declare_your_entity_2</class>
<exclude-unlisted-classes>false</exclude-unlisted-classes>
<properties>
<property name="eclipselink.target-database" value="org.eclipse.persistence.nosql.adapters.mongo.MongoPlatform"/>
<property name="eclipselink.nosql.connection-spec" value="org.eclipse.persistence.nosql.adapters.mongo.MongoConnectionSpec"/>
<property name="eclipselink.nosql.property.mongo.port" value="27017"/>
<property name="eclipselink.nosql.property.mongo.host" value="localhost"/>
<property name="eclipselink.nosql.property.mongo.db" value="dev"/>
<property name="eclipselink.logging.level" value="FINEST"/>
</properties>
</persistence-unit>