Eindelijk bedacht het dankzij de Mongoid google group. Details hier:https://groups.google.com/d/topic/ mongoïde/T6XhqLtofTE/discussie
De one-liner-fix is:
collection = mr_collection.send(:documents).sort(sort).limit(limit).skip(skip).to_a
In een aankomende versie van mongoid zal Mongoid::Contextual::MapReduce#documents worden gewijzigd van een privémethode in een openbare, en de .send(:documents) is niet meer nodig.