Ik ben helemaal nieuw in documentgeoriënteerde databases en op dit moment probeer ik een soort CMS te ontwikkelen met node.js en mongodb, dus ik heb dezelfde problemen als jij.
Met vallen en opstaan vond ik deze vuistregel:ik maak een verzameling voor elke entiteit die een "onderwerp" kan zijn voor mijn vragen, terwijl ik de rest insluit in andere objecten.
Opmerkingen in een blogbericht kunnen bijvoorbeeld worden ingesloten, omdat ze meestal aan het bericht zelf zijn gebonden en ik geen bruikbare vraag kan bedenken die globaal op alle opmerkingen wordt gemaakt. Aan de andere kant verdienen tags die aan een bericht zijn gekoppeld misschien een eigen verzameling, want zelfs als ze aan het bericht zijn gebonden, wil je misschien globaal redeneren over alle tags (bijvoorbeeld het maken van een lijst met trending topics).