Ik ben niet specifiek bekend met MongoDB. Over het algemeen is het openen van een verbinding met een database een relatief trage handeling en legt het beslag op systeembronnen. Of dit in jouw geval genoeg uitmaakt, kan ik niet zeggen.
Het hebben van een verschillende database voor elke gebruiker zou het moeilijk maken om query's uit te voeren die toegang hebben tot gegevens voor meerdere gebruikers. Misschien hoeft u dit niet te doen.
Toch zou ik denken dat het over het algemeen een stuk eenvoudiger zou zijn om gewoon een gebruikers-ID in elk record te plaatsen in plaats van een afzonderlijke database te maken. Wat is het voordeel van aparte databases? Oké, een gebruiker verwijderen betekent "database laten vallen". Maar het verwijderen van een gebruiker uit een enkele database zou moeten betekenen "verwijderen uit tableX waar gebruiker=?; verwijderen uit tabelY waar gebruiker=?" enz. voor hoeveel relevante tabellen je ook hebt. Ik kan me niet voorstellen dat het er honderden zijn, toch? Misschien een half dozijn regels code of zo?