Deze vraag is misschien oud, maar ik ondervond hetzelfde probleem en vond een andere oplossing die voor anderen zou kunnen werken.
Toevoegen ?authSource=admin aan het einde van uw MONGO_URI variabele zal uw inloggegevens verifiëren met de beheerdersdatabase, in plaats van degene waarmee u verbinding maakt.
Voorbeeld:app.config["MONGO_URI"] = "mongodb://username:[email protected]:port/db_name?authSource=admin"