Ik kwam net een soortgelijk probleem tegen in mijn code. Voor de mijne had ik te maken met een object in mijn gebruikersdocument. Ik moest een user.markModified('object') . uitvoeren voor de user.save() om ervoor te zorgen dat de wijzigingen in de database werden opgeslagen. Mijn theorie is dat Mongoose items niet automatisch bijhield of uit de database verwijderde
