Het lijkt niet mogelijk om een veld binnen een array te hernoemen vanaf de opdrachtregel zoals beantwoord in deze vraag:
MongoDB hernoemen databaseveld binnen array
Het is echter mogelijk om deze waarden via RockMongo te wijzigen, zoals voorgesteld door gebruiker Liad Livnat.
Voor mijn specifieke geval heb ik daar ook de array verwijderd en de structuur gewijzigd in:
{
"field1": "value 1",
"field2": {"subfield1": "value 2", "subfield2": "value 3"},
"field3": "value 4"
}
Het opvragen van dit object was toen mogelijk met:
db.myCollection.find( {"field2.subfield2":"value 3"} );