MongoDB bevat een eenvoudige profiler. Zie hier:http://www.mongodb.org/display/DOCS/Database+ Profiler
Als u het profileringsniveau instelt op 2, worden alle zoekopdrachten naar de verzameling "system.profiler" geschreven, zodat u een kijkje kunt nemen. Als u het profileringsniveau instelt op 1, dan worden alleen de langzame query's geschreven (standaard worden deze gedefinieerd als query's die langzamer zijn dan 100 ms, maar dit is een configureerbare parameter).
Voor het diagnosticeren van langzame zoekopdrachten is de "explain"-functionaliteit ook erg handig. Zie hierhttp://www.mongodb.org/display/DOCS/Explain
Als u weet welke query's traag zijn, kunt u uitleggen welke index de database gebruikt (of niet gebruikt).