Aangezien subdocumenten in feite slechts velden in het hoofddocument zijn, zijn alle updates ervan ook atomair.
MongoDB heeft transacties per document en dat geldt voor het hele document, inclusief de subdocumenten.
Opgemerkt moet worden dat niet alleen findAndModify is atomair. Elke bewerking op een enkel document, of het nu gaat om update() of remove() is atomair.