Nee, dat kan niet. MongoDB is een native C++-toepassing die gebruikmaakt van aan het geheugen toegewezen bestanden, sockets opent, enz. Het werkt niet in een JVM.
MongoDB is ook gemaakt voor webscale-applicaties, big data, failover-clusters (replica-sets) en auto-sharding, die allemaal niet echt logisch zijn in een embedded applicatie. Het is ook behoorlijk agressief in termen van geheugengebruik, wat ongewenst is voor embedded applicaties.
--EDIT na de opmerking van zero323--
Misschien wilt u een kijkje nemen op db4o een objectdatabase voor java die is gemaakt om in te sluiten.
Bij het insluiten van databases kunnen de licenties u ook bijten en u dwingen uw code onder dezelfde licentie vrij te geven, in het geval van MongoDB de AGPL.