Misschien alleen dit.
Ik denk niet dat je .populate('latestPost') . nodig hebt als uw volgende .populate() moet zorgen voor het invullen van de latestPost . Misschien verstoort dat de volgende.
User.findOne({ _id: req.user.id }).populate({
path: 'latestPost',
model: 'Post',
populate: {
path: 'author',
model: 'User'
}
}).exec(function (err, user) {
});