Het hangt af van wat voor soort updates u maakt. Als deze updates je document laten groeien (array push of iets dergelijks), dan heb je inderdaad wat fragmentatie. In-place updates ($inc) zorgen er niet voor dat het document wordt verplaatst (geen fragmentatie).
Het is trouwens niet per se fragmentatie, maar eerder verspilde ruimte. Dat wil zeggen, als het document naar een nieuwe locatie wordt verplaatst, wordt de oude locatie niet opnieuw gebruikt.