Het lijkt mij dat uw code eigenlijk probeert het $inc-veld van het document in te stellen in plaats van de $inc-modifier in het foo.count-veld te gebruiken. Dit is misschien wat je wilt:
db.foobar.update(
{ name: "Foobar" },
{
$set: { 'foo.bar': 'bar' },
$inc: { 'foo.count': 1 }
}, true)
Ik hoop dat dit helpt.