Ik kan ook geen andere manier zien, ik heb zoiets eerder geïmplementeerd en had geen probleem.
In jouw geval zou het zo moeten zijn, je geeft de $follower_ids van bepaalde gebruikers door array als argument voor uw functie:
$query = array("status_owner_id" => array('$in' => $follower_ids));
$cursor = $mongo->yourdb->statuses->find($query);
En als je statussen indexeert (als je genoeg ram hebt om dit te doen) op owner_id, krijg je de resultaten heel snel.
Ik hoop dat het helpt, Sinan.