Het korte antwoord op je vraag is; jij niet. De enige optie die voor u beschikbaar is, is om elk uniek paar op te slaan als een enkel array-element. Dus in plaats van:
{a:[1,2], b:[8,9]}
je bewaart
{ab:[[1,8], [1,9], [2,8], [2,9]]}
Uiteraard heeft dit een paar nadelen, dus het hangt echt af van uw specifieke usecase of dit een geschikte oplossing is. Ik ben het er echter mee eens dat mongo meerdere array-indexen niet mag afwijzen alleen voor idiot proofing. Het is een goede functie voor arrays met kleine/lage kardinaliteit.