Mijn eigen vraag beantwoorden!
Er leek iets geks te gebeuren met de brouwinstallatie van MongoDB. Handmatig opnieuw installeren vanaf http://docs. mongodb.org/manual/tutorial/install-mongodb-on-os-x/ en het herstellen van mijn geback-upte database leek de slag te slaan.
Ik zou nog steeds graag willen weten vanuit een code/technisch standpunt waarom mijn omgeving plotseling besloot om de 12-byt BSON ObjectID terug te geven in plaats van de Hexadecimale ObjectID... maar tot die tijd zal hopelijk een eenvoudige handmatige herinstallatie anderen helpen die dit vreemde probleem tegenkomen!