Ik zou willen voorstellen om stemmen op te slaan als een lijst met verhalen _id s in elke gebruiker. Op die manier kunt u erachter komen op welke verhalen een gebruiker heeft gestemd door gewoon naar de lijst te kijken. Om de gebruikers te krijgen die op een verhaal hebben gestemd, kun je zoiets doen als:
db.users.find({stories: story_id})
waar story_id is de _id van het verhaal in kwestie. Als u een index maakt op de stories veld zullen beide zoekopdrachten snel zijn.