EDIT:Met alle nieuwe gegevens begrijp ik duidelijk wat je probeert te bereiken.
Dus ik heb mijn oude functie aangepast, dit is een nieuwe die in je code zou moeten werken. Laat het me weten zodat ik het indien nodig kan aanpassen.
public function setCategories($user_id)
{
$api = new ApiCategory($user_id);
$cats = $api->getCategories(); // retrieves structure above
$newCats = null;
self::recursiveCatTree($newCats, $cats);
$this->categories = $newCats;
$this->save(); // save the entire array of embedded documents
if($this->getErrors())
var_dump($this->getErrors);
}
public static function recursiveCatTree(&$result, $parent)
{
$children = $parent['children'];
//we unset the children so we dont have manually set every other variable
unset( $parent['children']);
$result = new Category();
$result->attributes = $parent;
//then loop the children, if no children it wont loop
// so it will just be an empty array
foreach($children as $child)
{
$baby = null;
self::recursiveCatTree($baby, $child);
$result->children[] = $baby;
}
}