Ik weet niet zeker of je het wilt met MongoDB-scripts of je app-taal (Nodejs als ik me vergis)
Zo werkt het op Mongo Shell Script
db.MODEL.find( { _id: DOCUMENT_ID },
{ inbox: { $elemMatch: { _id: MESSAGE_ID } } } )
Als dit niet is wat je wilt, werk dan je bericht bij en voeg toe welke taal/framework je gebruikt