Ik heb het probleem opgelost... Toni had een goede suggestie (maar het uitschrijven van het stuurprogramma betekende dat het stuurprogramma niet meer beschikbaar was toen de app opnieuw werd geladen!).
In ons geval hebben we per ongeluk ojdbc6.jar opgenomen in onze web-app EN in de Tomcat/lib-directory. Dit heeft er waarschijnlijk toe geleid dat Tomcat onze classloader heeft gebruikt om objecten te maken. Dus toen onze applicatie werd verwijderd, had Tomcat's DBCP-pool nog steeds open handvatten voor klassen in onze applicatie.
Het verwijderen van ojdbc6.jar van onze WEB-INF/lib loste het probleem op.