Ik heb dit opgelost door handmatig sequenties te maken als onderdeel van mijn testscript. Niet ideaal, want ik zou liever een combinatie van Spring / HSQL instellen. Mijn code is:
for (String sequence : sequences) {
entityManager.createNativeQuery("DROP SEQUENCE " + sequence + " IF EXISTS").executeUpdate();
entityManager.createNativeQuery("CREATE SEQUENCE " + sequence + " as INTEGER").executeUpdate();
}
waarbij sequenties een lijst is met strings die de naam van de sequentie zijn.
Ik gebruikte dit is de @BeforeClass-methode voor elke testklasse. Niet ideaal, maar het lost het probleem wel op