Je hebt een JRE geïnstalleerd en geen JDK.
Om native JNI-code te compileren, moet u een JDK installeren, die wordt geleverd met de juiste jni.h-header, evenals de OS-specifieke headers.
Als je dat doet, update je je include-pad naar
-I <path_to_jdk>/include -I <path_to_jdk>/include/linux