Ik kon mijn probleem oplossen door alle bibliotheken (als ubuntu-pakketten), de python-interpreter, alle code te verwijderen en vervolgens opnieuw te installeren door de database opnieuw te genereren (inclusief het opnieuw installeren van postgis) en vervolgens door nginx (en dus gunicorn). Er zijn echter geen bibliotheken bijgewerkt, dus ik begrijp nog steeds niet wat er werkelijk is gebeurd.
