Voor het geval het iemand nog iets kan schelen:
Ik had hetzelfde probleem nadat ik een databasedirectory rechtstreeks had gekopieerd met het commando
cp -r /path/to/my/database /var/lib/mysql/new_database
Als u dit doet met een database die gebruikmaakt van InnoDB tabellen, krijgt u deze gekke 'tabel bestaat niet'-fout die hierboven wordt vermeld.
Het probleem is dat je de ib* . nodig hebt bestanden in de hoofdmap van de MySQL-datadir (bijv. ibdata1 , ib_logfile0 en ib_logfile1 ).
Toen ik die kopieerde, werkte het voor mij.