Op aanvraag, nu als antwoord...
Bij gebruik van MySQL Query Browser of phpMyAdmin blijkt dat er voor elke query een nieuwe verbinding wordt geopend (bugs.mysql.com/bug.php?id=8280 ), waardoor het nodig is om alle drop-statements in één query te schrijven, bijv.
SET FOREIGN_KEY_CHECKS=0;
DROP TABLE my_first_table_to_drop;
DROP TABLE my_second_table_to_drop;
SET FOREIGN_KEY_CHECKS=1;
Waar de SET FOREIGN_KEY_CHECKS=1
dient als extra veiligheidsmaatregel...