PDO is iets langzamer dan de mysql_*Maar hij is uitstekend draagbaar. PDO biedt een enkele interface voor meerdere databases. Dat betekent dat je meerdere DB kunt gebruiken zonder mysql_query voor mysql, mssql_query voor MS sql enz. Gebruik altijd iets als $db->query("INSERT INTO..."). Het maakt niet uit welk DB-stuurprogramma u gebruikt.
Dus voor grotere of draagbare projecten heeft PDO de voorkeur. Zelfs zend framework gebruik PDO.