Ik kreeg te maken met een vergelijkbare situatie waarin InnoDB werd uitgeschakeld na een mysql-server-upgrade. De zoekopdracht "engines weergeven " heeft Innodb niet weergegeven . Volg deze link heeft het probleem voor mij opgelost.
/etc/init.d/mysql stop
cd /var/lib/mysql/
ls ib_logfile*
mv ib_logfile0 ib_logfile0.bak
mv ib_logfile1 ib_logfile1.bak
/etc/init.d/mysql restart