Het antwoord bleek heel eenvoudig. Spring Boot heeft een DataSource-scheidingseigenschap die kan worden ingesteld in het bestand application.properties:
spring.datasource.separator=^;
Dan in het schema.sql bestand alle ;
instructies die niet binnen de opgeslagen procedure vallen, moeten worden bijgewerkt met het nieuwe scheidingsteken.
DROP PROCEDURE IF EXISTS `database`.FOO;
CREATE PROCEDURE `database`.FOO()
BEGIN
SELECT * from `database`.employees;
END ^;