Een oplossing die ik heb gevonden is om de join helemaal te verwijderen en de join-voorwaarde naar een 'where'-functie te verplaatsen. Je moet ook de update-tekenreeks wijzigen om de nieuwe tabel op te nemen.
$this->db->set('a.firstname', 'Pekka');
$this->db->set('a.lastname', 'Kuronen');
$this->db->set('b.companyname', 'Suomi Oy');
$this->db->set('b.companyaddress', 'Mannerheimtie 123, Helsinki Suomi');
$this->db->where('a.id', 1);
$this->db->where('a.id = b.id');
$this->db->update('table as a, table2 as b');