Je moet GROUP BY twee keer gebruiken, eerst op (user_id, status) van volgt om tellingen te krijgen en vervolgens op user_id van samengevoegde tabel naar concat:
SELECT users.name, GROUP_CONCAT( CONCAT(f.status, ',', f.cnt) SEPARATOR '|' )
FROM users
JOIN
( SELECT user_id, status, count(id) AS cnt
FROM application_follows
GROUP BY user_id, status ) f
ON f.user_id = users.id
GROUP BY users.id