U wilt dus alleen mappen verplaatsen als een map met dezelfde naam onder de bovenliggende doelmap niet bestaan:
UPDATE file_manager_folder f1
LEFT OUTER JOIN file_manager_folder f2
ON f1.name = f2.name AND f2.parentId = 54
SET f1.parentId = 54
WHERE f2.name IS NULL AND f1.id IN (1,2,3);
De join-voorwaarde zoekt naar een map met dezelfde naam onder het bovenliggende doel. De WHERE-component test of een dergelijke map niet bestaat (f2.name is alleen null als de outer join geen overeenkomst vindt).