Ik vond een oplossing voor dit probleem in een aptana-forum .
Daar staat dat de MySQL 5.1-clientbibliotheek niet goed samenwerkt met Rails 2.2. De oplossing die ze bieden is eenvoudig:download een oudere MySQL-clientbibliotheek (libmySQL.dll ) en kopieer het naar je Ruby\bin-map.
Dit werkte voor mij (Windows XP, Ruby 1.8.6, Rails 2.3.3, mysql 5.1.33)