Ja, je kunt motoren zoals gebruikt ondergoed, als je wilt, zonder veel moeite in- en uitschakelen. Verander het gewoon in phpmyadmin.
Maar ik zou het niet veranderen om het veranderen. Moet u buitenlandse sleutels gebruiken? Verander het. Heeft u vergrendeling op rijniveau nodig in plaats van tafelvergrendeling? Verander het.
Het is vermeldenswaard dat er ook goede redenen zijn om MyISAM te gebruiken. Kijk eens naar FULLTEXT indexering. Dat kan niet met InnoDB.
UPDATE
Vanaf MySQL 5.6 is FULLTEXT ook geïmplementeerd voor InnoDB-tabellen. Hier is de handleiding .