Het is gebruikelijk om een installatiescript op te nemen dat de benodigde tabellen maakt, dus oplossing #2 zou de juiste keuze zijn.
[edit] Dat script zou gewoon een dump kunnen herhalen.;)
Mogelijk bent u ook geïnteresseerd in migraties:Hoe migratie (schema en gegevens) voor PHP/MySQL-toepassing automatiseren