U kunt een uitdrukking gebruiken in een ORDER BY. Probeer dit:
SELECT *
FROM comments
ORDER BY IF(ParentId = 0, Id, ParentId), Id
Dit sorteert eerst op Id, als ParentId =0, of anders op ParentId. Het tweede sorteercriterium is de ID, om ervoor te zorgen dat antwoorden op volgorde worden geretourneerd.