Uiteindelijk is het geaccepteerde antwoord hierboven correct.
De hulp van @RandomSeed zette me aan het denken in de goede richting. In wezen verschillen de optimalisatieplannen die in 5.6 zijn gemaakt aanzienlijk van die in 5.5, dus u zult waarschijnlijk uw zoekopdracht moeten herwerken, net zoals ik deed.
Ik heb uiteindelijk de FORCE INDEX niet gebruikt , maar in plaats daarvan heb ik delen van de query verwijderd totdat ik heb vastgesteld waardoor 5.6 de index miste. Daarna heb ik de toepassingslogica herwerkt om daarmee om te gaan.