Ik kwam op deze vraag door te zoeken naar "mysql alter table hanging" en ik denk dat het antwoord (in de opmerkingen) gedocumenteerd moet worden.
Als u een MySQL-opdracht uitvoert (in dit geval om een kolom toe te voegen) en deze onverwacht blijft hangen, b.v. niet vanwege de grootte van de gegevens in de tabel, controleer dan de andere processen die in de database worden uitgevoerd. Ik liet de query lopen, maakte verbinding met de server met een andere client en typte
SHOW PROCESSLIST;
Mijn vraag bleef hangen en dit bericht had de state kolom:
Waiting for table metadata lock
Ik merkte dat ik verschillende zombieverbindingen van mijn machine had, doodde ze (KILL xxx waar xxx is het nummer in de Id kolom), waarna het proces onmiddellijk werd beëindigd.