MySQL onderhoudt een enkele set buffers voor alle databases. Met betrekking tot prestaties maakt het niet uit of tabellen zich in verschillende databases bevinden.
Uw use case is boderline, maar lijkt een redelijk geval te zijn voor het samenvoegen van gegevens uit afzonderlijke databases.
Ik zou echter voorzichtig zijn met deze architectuur. Als uw applicaties meer dan slechts een paar tabellen gaan delen, vraag uzelf dan af of deze applicaties echt verschillende applicaties zijn, of liever modules van dezelfde applicatie. In het laatste geval zou het voor mij logisch zijn om alle tabellen in één enkele database te hebben.
Als u zich zorgen maakt over de veiligheid, houd er dan rekening mee dat de meeste toegangsrechten kunnen worden verleend op een per-tabel (of zelfs per-kolom) basis .