Uit de stack-trace die je hebt gegeven, kan ik één conclusie trekken:je hebt gewoon geen verbindingen meer.
Dit kan worden veroorzaakt door langlopende transacties, mogelijk als gevolg van trage zoekopdrachten of onjuiste toepassingstransactiegrenzen.
Ik raad je aan om FlexyPool te gebruiken , die Tomcat DBCP ondersteunt en een beter begrip krijgt van zowel het verbindings- als het transactiegebruik.FlexyPool biedt veel histogrammen waarin u mogelijk geïnteresseerd bent, zoals de tijd voor het verkrijgen van een verbinding en de leasetijd.
En, voor de zekerheid, controleer ook de MySQL-stuurprogrammaversie en kijk of je een verouderde bibliotheek gebruikt.